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病毒感染的过程
病毒常通过皮肤的裂纹或通过口腔和生殖器部位粘膜侵入人体。
一旦进入人体细胞，病毒就能利用宿主细胞的物质繁殖（这被称为复制）。在这一过程中，细胞被破坏。正是由于宿主细胞的破坏，从而产生了疱疹发作的特征性体征（水疱等）和症状（麻刺感、疼痛等）。
除了进入和破坏感染部位的细胞外，病毒颗粒还进入感染部位的感觉神经纤维，并进而上行至神经纤维的起始端。感觉神经纤维携带有令人感觉疼痛、触觉、冷觉、光感等的信号。感觉神经纤维起始于小的神经细胞丛，后者被称为感觉神经节。在颜面疱疹患者中，病毒定居在位于颅底的一个神经节内，患者被称为三叉神经节。在生殖器疱疹患者中，病毒进入位于脊髓尾部附近的骶神经节内。一旦病毒到达神经节中，它就能一直存在那里从而与感染者终生相伴。在神经节中，单纯疱疹病毒可定期地再活动，病毒颗粒沿神经纤维下行至皮肤或粘膜，从而引起复发症状。
单纯疱疹病毒不是与我们当中的许多人一起生活的唯一病毒。有过水痘病史的人是水痘-带状疱疹病毒的宿主，这种病毒多处于静止状态，但极少数情况下可再活动。当病毒发生再活动时，病毒颗粒可离开神经节，沿神经纤维下行至皮肤，引起带状疱疹。
一旦病毒进入人体，人体能够产生抵抗该病毒的抗体。抗体存在于血流中，对于人体的自然防御（免疫反应）非常重要。在疱疹初次发作后的数周内，抗体可持续产生。
对于生殖器疱疹而言，抗体有助于使得复发症状比初发时更轻微。有趣的是，在从来没有生殖器疱疹发作病史的人中，从其血液检出抗体的情况很常见。在这些人中，有可能是疱疹发作如此轻微以致患者未能觉察到疱疹的发生，或者是这种发作被诊断为其它疾病，或者发作完全无症状而因此未被识别。
生殖器疱疹感染发生在与患有活动性疱疹的性伴的性接触之时，此时生殖器暴露在了病毒中，无论是生殖器性交还是口交均可引起。
初次发作被称为初发或原发感染。在这一阶段，一些病毒进入到了神经节。随后的发作被称为复发，发生在病毒在神经节中复制之时，释放的病毒颗粒沿神经纤维回到初发感染部位。
