对于大多数感染HSV-2型生殖器疱疹的人来说,病毒会反复复发并且引起症状。复发的频率和复发症状的严重程度在不同的人之中差别非常大。大部分感染HSV-2的人一年之中复发3-6次,但是一些人可能一年中发作十次或十次以上。在几年内,复发的频率倾向于越来越减少。相对HSV-2型生殖器疱疹,HSV-1型生殖器疱疹复发的现象要少得多得多。在感染HSV-1型生殖器疱疹的人群中,大约40%根本没有复发,其余大部分在感染后的1-2年内只复发1-2次,然后不会再复发。感染HSV-1型疱疹的人中少于10%的人会在1-2年后仍持续复发。不论是HSV-2型或是HSV-1型生殖器疱疹,在原发感染后的第一年中复发最为频繁。