诊断
由于生殖器疱疹的病情和个体差异变化如此之大，而任何性传播感染的治疗都有特殊性和特异性，准确的诊断是必需的。
在活动性疱疹感染之时，尤其是初发有症状感染时，较容易和正确作出生殖器疱疹的诊断。在进行诊断时，医生需要采集病史、作体格检查和采集标本以检测病毒。此时，可以见到生殖器分泌物和包含液体的水疱，这些对于感染的证实是必要的。在优化治疗方案时，明确的诊断能给患者和医生提供必需的信息。
实验室确诊
为了证实生殖器HSV感染的诊断，有必要证明患者体内有单纯疱疹病毒的出现。检测血流中的HSV抗体是不充分的，因为这并不能确定HSV感染的部位。
通常程序是医生用棉拭子采集水疱的疱液、溃疡组织液或生殖器分泌物标本，并送检分析。实验室分析通常采用病毒培养（在细胞及培养基中有病毒生长）或抗原检测法（特异性地识别病毒的成分）。
由于生殖器疱疹患者可能同时合并其它的性传播感染，应作全面的泌尿生殖器检查。对女性作检查时，可能包括宫颈涂片检查。但值得强调指出的是，感染生殖器疱疹与宫颈癌的发生无关。
当作血清抗体检测时，可能发现被检查者有HSV感染，但却未表现出生殖器部位的症状，此时仍然有必要进行生殖器HSV感染的确证。如果这种血清学检查是HSV-2抗体的特异性检测方法，那么生殖器HSV感染的可能性，但仍然不能确诊。医生应要求被检查者在出现生殖器症状或不适时复诊，以采集标本作实验室确诊。
