避孕套可提供一种物理屏障，避免直接接触性伴的体液或血液，可有效降低性病和艾滋病传播的危险性。但不正确使用或不坚持使用避孕套可使其预防效果大大降低，常有性病病人自述使用避孕套还得了性病，仔细追问，原来是有时用，有时不用，甚至发生过滑脱、破裂；也有的是在射精前才戴，这些不正确的做法都存在着感染的机会。
应该指出的是，有些性病病原体非常微小可以穿透乳胶制成的保险套，如尖锐湿疣、生殖器疱疹、支原体、衣原体等；另外病原体也可能从阴茎、阴道以外的病损部位排出，如传播梅毒的硬下疳可以长在身体的其它部位，尖锐湿疣、生殖器疱疹可以自体接种，也可以长在口腔等部位，所以避孕套虽有保护作用，但也有一定的局限性。因此，使用避孕套并不是百分之百的保险，但使用总比不使用强。
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