疱疹病毒在感染生殖器皮肤粘膜后，常潜伏在骶神经节。潜伏感染是生殖器疱疹复发的根本原因。目前普遍认为生殖器疱疹是一种复发性的终生性疾病，但并非所有病人均会复发。单纯疱疹病毒2型所致生殖器疱疹较1型更容易复发。
潜伏的病毒受一些因素影响而复活，疱疹就会复发。复发的诱因很多。比如，频繁的性交、劳累、感冒、发热、酗酒、情绪紧张、月经等等。有时复发的诱因也找不到。对于复发频繁的病人，可以用长期抑制治疗，即采用阿昔洛韦、伐昔洛韦、泛昔洛韦等药物，以较小的剂量，持续用药，疗程为1年。治疗1年后，应在医师指导下，视病人心理上对疾病的适应性、疾病复发频率等情况考虑是否停药。在服药期间，疾病基本上不会复发，但停药后可能还会复发。这类药物安全性很好，长期用药不会对身体产生不利影响，也不必担心病毒会发生耐药。由于药物的价格较昂贵，这种疗法的花费很大。因此，对于有复发前驱症状的病人，即复发前数小时～数天内在生殖器或肛门部位出现瘙痒、烧灼感、刺痛、隐痛、麻木感、会阴坠胀感等不适，可以在皮肤损害还没有出来之前就开始服药，服药时间为1～3天，这样同样可以免除疾病复发之苦，同时又可节省费用。
值得庆幸的是，随着时间的推移，生殖器疱疹的复发一般就逐渐减少，病人可不必终生与抗病毒药物为伍
